Московский театр кукол – старейший государственный театр кукол столицы – был создан в 1930 году. Его основатель – известный драматург и режиссёр, ученик Евгения Вахтангова Виктор Швембергер. Вместе с женой, а в будущем – ведущей актрисой Московского театра кукол, Надеждой Сазоновой и своими друзьями, артистом Сергеем Задониным и бродячим кукольником Иваном Зайцевым, В. Швембергер основал театр, который получил название Театр Детской Книги. Молодой мобильный коллектив много гастролировал по стране и знакомил зрителей с новыми литературными произведениями и их авторами.
В.Швембергер стал также основателем театра кукол в Чернигове (1921), Московского областного театра кукол (1933) и Киргизского государственного театра кукол в городе Фрунзе (ныне — Бишкек). В 1935 году театр побывал на гастролях в Иркутске, эта поездка положила начало Иркутскому театру кукол — одному из ведущих театров кукол России.
Во время Великой Отечественной войны театр выступал с антифашистскими программами в госпиталях, агитпунктах, частях действующей армии. По воспоминаниям режиссёра Николая Михайловича Савина, возглавлявшего в то время театр, уже «через неделю после объявления войны театр сдавал первую концертную программу». Ведущий артист театра С.Задонин сформировал фронтовую бригаду, куда вошли актёры театра: Сазонова, Мартынова, Распопов, Глотов.
В конце августа 1941 года эта бригада выехала на фронт, а в сентябре вся группа попала в окружение и погибла.
С 1942 по 1944 гг. театром руководил Евгений Сергеевич Деммени. Московские артисты работали вместе с эвакуированной из блокадного Ленинграда труппой Ленинградского театра марионеток. Театр получил первое в своей жизни стационарное помещение — на Никольской улице, д.25. В этом легендарном здании когда-то находился ресторан «Славянский базар», в котором 1 июня 1898 года состоялась историческая встреча К.С.Станиславского и В.И.Немировича-Данченко, положившая начало созданию Московского Художественного театра. Спектакли этого периода: «Наш цирк», «Конёк-Горбунок», «Терем-теремок», «Дудочка», оперетта М.Ф.Гельфмана «Заклинание дьявола» (по мотивам Г.Сакса) и др.
В 1953 году главным режиссёром театра стал выдающийся режиссёр, друг и соратник Михаила Чехова, ведущий актёр и режиссёр Театра Вс.Мейерхольда – Виктор Алексеевич Громов. За годы работы в МТК Громов воспитал уникальную плеяду артистов-кукольников, среди которых заслуженные артисты России А.Бурова, Ю.Феоктистова, Т.Линник, В.Грачева, А.Иванова, Н.Образцова, артисты А.Круговых, В.Лазарев, Г.Крамеров, Е.Карпова, Г.Любимова, В.Бойко, М.Житников, С.Кудрин, А.Паршин, В.Поздняков и др. При Викторе Громове театр стал своеобразной цитаделью кукольного натурализма и актёрского мастерства. Среди постановок «громовского» периода: «Сказки Пушкина», «Тимур и его команда», «Старик Хоттабыч», «РВС», «Полёт–мечта», «Приключения Димки», «Цветок жизни» и мн.др.
В 1962 году театр возглавил Борис Исаакович Аблынин – один из первых советских режиссёров, синтезировавших кукольный и драматический театры, исповедовавший эстетику условного театра. Постановки Б.Аблынина: «Мальчиш-Кибальчиш» по А.Гайдару, «На четвёртой полосе» (по рассказам М.Зощенко), «Дочь-невеста» А.Барто сделали театр творческим лидером среди театров кукол страны. В 1964 году при театре была создана актёрская студия, которая вскоре стала работать самостоятельно. А главным режиссером МТК был назначен заслуженный деятель искусств Грузинской ССР режиссёр Аквсентий Гамсахурдия. Театр уверенно продолжает выбранный много лет назад путь – создаёт спектакли по лучшим произведениям детской литературы (в разные годы постоянными авторами театра были С.Я.Маршак и С.В.Михалков). В афише для детей появились спектакли: «Не буду просить прощения» С.Прокофьевой (1970), «Трусохвостик» С.Михалкова (1975), «Баллада о гранитном памятнике» Н.Гребенникова, «Пушок-волшебник» А.Попеску (1973), «Чёрная курица» А.Погорельского (1977). Репертуар для взрослых пополнили спектакли: «Могучее племя людей», «Баркасов лечится», «Русские водевили», «Волшебное кресло», «Проделки Скапена» и др. В 1974 году в театре открывается вторая – Малая сцена.
В 1965 году МТК переехал на ул.Спартаковская, д.26/30. Все эти годы уютным домом для театра служит здание с большой и интересной историей (построено в 1868 году, в 1912 здесь располагался «Большой Елоховский электротеатр», в 1933 – Театральная студия имени М.Н.Ермоловой, в 1946 – Московский драматический театр).
Короткий период (1978-1979 гг.) главным режиссёром театра был Юрий Александрович Набоков, самые яркие спектакли этой поры: «Дорога верности», «Машенька и Медведь», «Влюбленные боги» (спектакль для взрослых), «Несносный Слоненок». В это время в МТК также работал известный режиссёр, педагог, профессор ЛГИТМиК им. А.Черкасова Королев Михаил Михайлович. Его спектакль «Голый король» стал настоящим театральным событием!
Значительный вклад в развитие Московского театра кукол внёс заслуженный художник России Михаил Васильевич Артемьев. Около 20 лет он служил главным художником МТК, с его именем связано большинство лучших спектаклей конца 1950-х – 1980-х годов. Одним из них был спектакль «Руслан и Людмила» (1980) А.Пушкина, созданный художником вместе с дочерью – заслуженной артисткой России режиссёром Екатериной Образцовой.
Среди ведущих режиссёров страны, работавших в МТК в 1980-е годы, необходимо назвать и имя Владимира Михайловича Штейна, создавшего в Москве театр кукол «Волшебная лампа». Большой успех имел спектакль «Синьор рыцарь» (по роману М.Сервантеса) в постановке В.Штейна.
В 1980 году Указом Президиума Верховного Совета СССР Московский театр кукол был награждён орденом «Знак Почёта» за заслуги в нравственно – эстетическом воспитании подрастающего поколения и в связи с 50-летием театра.
В период 1980 – 1989 гг. в театре работал режиссёр и педагог Сергей Александрович Миронов. В череде его спектаклей особое место занимает спектакль «Дикий» В.Синакевича по мотивам сказки Г.-Х.Андерсена «Гадкий Утёнок».
С 1986 по 1991 гг. театр возглавлял замечательный режиссёр, актер, педагог Леонид Абрамович Хаит. В это время появилась целая россыпь уникальных спектаклей: «Каштанка и Слон» по произведениям А.Чехова и А.Куприна, «Подпоручик Киже», «Серенада и Кароль», «Плохая квартира» В.Славкина. Большое место в творческом развитии театра принадлежит заслуженному работнику культуры РФ Александру Николаевичу Пахомову, который работал директором театра с 1985 по 1997 годы. Театр стал активно выезжать на гастроли по России и за рубеж: в Канаду, Польшу, Чехословакию, США, Германию, Южную Корею, Гонконг, Тайвань…
С 1991 по 2011 гг. художественным руководителем театра был режиссёр, актёр, профессор РАТИ Вячеслав Сергеевич Крючков. В это время поставлены десятки спектаклей для детей: «Буратино», «Чиполлино», «Ёжик, Зайка и Топтыжка», «Гуси-лебеди» и др.
В 2012 году в театре сменилось всё руководство, и на постановки стали приглашаться известные режиссёры – лауреаты Российской Национальной театральной Премии «Золотая Маска»: Борис Константинов, Владимир Бирюков, Евгений Ибрагимов, Майя Краснопольская, Евгения Шахотько и др. Ими были поставлены спектакли, которые сегодня с успехом идут на сценах Московского театра кукол.
Короткое время (2013–2014 гг.) главным режиссёром театра был Вячеслав Игнатов. Он продолжил одну из традиций театра – создание музыкальных спектаклей. С Московским театром кукол всегда охотно работали ведущие композиторы страны: Ю.Милютин, К.Листов, А.Пахмутова, К.Хачатурян, Ш.Каллош, И.Шахов и мн. др. Вячеслав Игнатов в содружестве с композитором П.Поспеловым создал спектакль «Петя и волк и не только!..» (по мотивам симфонической сказки С.Прокофьева «Петя и Волк»).
В 2014 году директором театра стал заслуженный деятель искусств РФ Борис Михайлович Киркин (в прошлом – директор ГАЦТК им. С.В.Образцова), художественным руководителем – Заслуженный работник культуры, доктор искусствоведения Борис Павлович Голдовский. Более 20 лет он был творческим руководителем Государственного академического центрального театра кукол, куда в 1990 году его пригласил С.В.Образцов. В 2017 году директором театра стала Людмила Викторовна Редько.
В 2021 году путём реорганизации к театру присоединился Московский Детский Камерный театр кукол. Сегодня в театре работают три сцены: Большая, Малая и Камерная, на которых регулярно проходят спектакли для зрителей от 1+ до 18+.
В театре работают режиссёры: лауреат Российской Национальной театральной Премии «Золотая Маска» Наталья Пахомова, заслуженная артистка России Ольга Минаичева, Амир Ерманов, почетный деятель искусств города Москвы Валерий Баджи.